வாஞ்சிநாதன் புனலூர் வனத்துறையில் பணியாற்றினார். புதுவை வ.வே.க அய்யர், வ.உ சிதம்பரனார் ஆகியோரின் பேச்சுகள், எருக்கூர் நீலகண்ட பிரம்மச்சாரியின் இரகசிய இரத்தப் புரட்சி உறுதியேற்புகள் அவர்மீது தாக்கம் செலுத்தின. அதன் விளைவாகப் புரட்சிப் பாதையை தேர்ந்தெடுத்தார்.
1911 சூன் 17ஆம் தேதி காலை 10:38 மணிக்குக் கொடைக்கானல் செல்லும் வழியில் மணியாச்சி சந்திப்பில் தொடர்வண்டி நின்று கொண்டிருக்கும் போது திருநெல்வேலி கலெக்டரும் மாவட்ட நீதிபதியான ராபர்ட் வில்லியம் டி.ஏஸ் கோர்ட் ஆஷ் மற்றும் அவருடைய மனைவி மேரி வில்லியம் பேட்டர்சன் பயணம் செய்த முதல் வகுப்புப் பெட்டியில் ஏறிய வாஞ்சிநாதன் பெல்ஜியத்தில் தயாரான தானியங்கி பிரௌசிங் பிஸ்டலைப் பயன்படுத்திச் சுட்டார். இரத்தக் கசிவால் ஆஷ்துரை இறந்தார்.
நடைமேடையில் இறங்கி ஓடிய வாஞ்சிநாதன் கழிப்பறையில் புகுந்து கொண்டு, துப்பாக்கியால் தன்னைத்தானே சுட்டுக்கொண்டு இறந்தார். (17 சூன் 1911). அவருடைய பையிலிருந்து கண்டெடுக்கப்பட்ட கடிதத்தில், இந்தியாவில் முடிசூட்டிக்கொள்ளவரும் மிலேச்சனான ஜார்ஜ் மன்னனைக் கொல்ல 3000 மதராசிகள் உறுதிமொழி எடுத்திருப்பதாகவும், அதைத் தெரிவிக்கும் பொருட்டே தான் இச்செய்கை செய்ததாகவும் குறிப்பிட்டிருந்தார். சனாதன தர்மத்தை நிலை நிறுத்துவதும், இந்திய விடுதலையும் அவருடைய குறிக்கோள்களாகவும், புரட்சிகர நடவடிக்கைகள் அவருடைய வழிமுறையாகவும் இருந்தன.